Sông Danube chảy qua các nước theo thứ tự: Đức, Áo, Slovakia, Hungary, Croatia, Serbia, Bulgaria, România, Moldova và Ukraina.

Các phụ lưu chính của sông Danube theo thứ tự từ nguồn đến cửa sông: Iller - Lech - Regen (đổ vào sông Danube tại Regensburg) - Isar - Inn (nhập dòng tại Passau) - Enns - Morava - Leitha - Váh (nhập dòng tại Komárno) - Hron - Ipel - Sió - Drava - Vuka - Tisza - Sava (nhập dòng tại Belgrade) - Tamiš - Velika Morava - Caraş - Jiu - Iskar - Olt - Vedea - Argeş - Ialomiţa - Siret - Prut.

Phần nước Đức

Sông Danube bắt nguồn cách Donaueschingen 1,4 Km về phía đông durch do hai sông Brigach và Breg nhập lại.

Ở nước Đức từ nguồn sông Breg cho tới biên giới Đức-Áo là một đoạn dài 618 Kilometer; coi như là một đoạn sông dài thứ tư ở Đức. Những thành phố lớn nhất nằm dọc theo dòng sông là Tuttlingen, Ulm, Neu-Ulm, Neuburg an der Danube, Ingolstadt, Regensburg, Straubing và Passau (theo thứ tự dòng nước chảy).

Những phụ lưu quan trọng bên hữu ngạn là Iller tại Neu-Ulm, Lech tại Marxheim (phía tây của Donauwörth), Isar tại Deggendorf và cuối cùng tại Passau là sông Inn; hữu ngạn là sông Donauwörth tại Wörnitz, sau Kelheim là sông Altmühl và sau cùng tại Regensburg sông Naab và sông Regen.

Những kiến trúc quan trọng dọc theo dòng sông là nhà dòng Erzabtei Beuron, lâu đài Fürstenschloss của dòng họ Hohenzollern tại Sigmaringen, nhà thờ Gotik Münster zu Ulm với cái tháp nhà thờ cao nhất thế giới (161,53 m), tại eo Weltenburger Enge nhà dòng Abtei Weltenburg và Befreiungshalle tại Kelheim. Kế đó là cầu đá Steinerne Brücke và nhà thờ Dom St. Peter tại Regensburg cũng như tượng đài Walhalla tại Donaustauf.